À l'occasion de la visite ad limina des évêques du Japon, l'Agence Fides a retracé l’histoire de la foi chrétienne au Pays du Soleil Levant et donne quelques chiffres et informations sur l'Église catholique au Japon. Elle rappelle notamment le rôle de pionnier de la Compagnie de Jésus
L'évangélisation du Japon commence à une date bien précise : le 15 août 1549, jour où saint François Xavier sj débarque dans l'archipel en provenance de la péninsule de Malacca. La première communauté chrétienne a été fondée sur l'île de Kyushu, la plus méridionale des quatre grandes îles qui composent l'archipel. Après le départ de saint François Xavier du Japon, le jésuite italien Alessandro Valignano (1539-1606) arrive dans l'archipel.
Les jésuites ont été suivis par des frères franciscains, principalement italiens. Les étrangers venus du sud au Japon à l'époque, à bord de leurs navires de couleur sombre (pour les distinguer des navires japonais, faits de bambou et généralement de couleur plus claire), étaient appelés Nan Ban ("barbares du sud"), car ils étaient considérés comme des gens grossiers et sans éducation, simplement parce qu'ils ne pratiquaient pas les coutumes et les traditions du pays.
Au cours du XVIe siècle, la communauté catholique atteint plus de 300’000 personnes et le diocèse de Funay est créé en 1588. La ville côtière de Nagasaki en était le centre principal. Les missionnaires italiens, dans leur travail d'évangélisation, suivaient les règles établies par Valignano, auteur du Cérémonial fondamental pour les missionnaires au Japon.
En 1582, les jésuites japonais organisent un voyage en Europe pour témoigner de l'ouverture à la foi chrétienne du peuple du Soleil Levant. Le voyage dura huit ans. La délégation, composée de quatre prélats, a d'abord visité Venise, puis s'est rendue à Lisbonne et est finalement retournée en Italie, où elle a terminé son voyage à Rome. Les jésuites japonais furent reçus par le pape Grégoire XIII et rencontrèrent également son successeur, Sixte Quint. En 1590, ils retournèrent dans leur pays d'origine.
Le shogunat Tokugawa se rendit rapidement compte que les jésuites, par leur travail d'évangélisation, influençaient la dynastie impériale, en fait reléguée à une fonction purement symbolique, et interpréta donc la présence des chrétiens dans leur ensemble, et du Nan Ban en général, comme une menace pour la stabilité de son pouvoir.
En 1587, le kampaku (chef politique et militaire) Hideyoshi, "maréchal de la couronne" à Nagasaki, publie un édit ordonnant aux missionnaires étrangers de quitter le pays. Cependant, ils continuèrent à opérer dans la clandestinité. Dix ans plus tard, les premières persécutions commencent. Le 5 février 1597, vingt-six chrétiens (6 franciscains, 3 jésuites et 17 japonais) sont crucifiés.
