Markus Dreher a passé son baccalauréat à Bad Saulgau en 1995 et a travaillé dans le domaine de la jeunesse au sein de l'église. Jusqu'en 1996, il a encadré des jeunes issus de milieux sociaux difficiles au château de Heudorf. Il a ensuite commencé des études de physique à l'Université de Constance, qu'il a achevées en 2008 par un doctorat. Parallèlement, il s'est engagé dans la communauté universitaire catholique. Après le noviciat, il a étudié la philosophie à Munich et la théologie à Londres, ainsi que des études de troisième cycle dans le domaine de la philosophie de la physique à Oxford. Il travaille actuellement à son habilitation et est chargé de cours en philosophie de la nature à l'école supérieure de philosophie de Munich. Il est en outre aumônier de la communauté anglophone de Munich.