Le passage des Burgondes au catholicisme réussit. C’est ainsi qu’une princesse genevoise, Clotilde, fut demandée comme épouse par le roi franc païen Clovis. La reine, aidée de l’évêque saint Rémy, poussa le roi au baptême. Il se convertit au christianisme avec ses guerriers, vers l’an 500. Une date importante de l’histoire de France et de l’Europe, car les Francs devinrent la base du Saint Empire romain germanique.
C’est ainsi que l’empereur Conrad II, le Salique, qui était déjà roi de Germanie et des Romains, se fait couronner roi de Bourgogne en 1033 dans la cathédrale genevoise. Il avait été élu à Payerne mais il célébra son couronnement dans le nouveau bâtiment genevois, dont la beauté consacrait le prestige.
Genève joue également un rôle important lors du Grand Schisme d’Occident. Robert de Genève, évêque de Thérouane, puis de Cambrai, nommé cardinal en 1371, est élu pape à Fondi, par un conclave de cardinaux rebutés par l’autoritarisme du pape romain Urbain VI. Robert prend le nom de Clément VII et réside à Avignon. Il fait venir pour le seconder Jean Allarmet de Brogny, qu’il nomme vice-chancelier de l’Église, cardinal, puis président du Concile de Constance. Comme tel, Jean de Brogny reçoit la démission du pape Grégoire XII, prépare l’élection du pape Martin V et le consacre comme évêque de Rome le 21 novembre 1417. Entre temps, Robert de Genève, l’antipape Clément VII, qui avait hérité du titre comtal de ses frères, meurt en 1394, son titre est racheté par la Maison de Savoie. C’est la fin du Grand Schisme.
Resté attaché à son diocèse d’origine, le cardinal de Brogny fait construire la chapelle des Macchabées sur le flanc sud de la cathédrale Saint-Pierre. C’est dans ce bâtiment en style gothique flamboyant qu’il est enterré.
De toute manière, les comtes de Genève dépendaient de l’évêque, qui était prince d’empire. Le drapeau qui flotte encore aujourd’hui sur le canton est resté celui du prince-évêque : l’aigle impérial et la clef de Saint-Pierre se partagent le rouge du pouvoir impérial et le jaune du pouvoir papal.
Rien ne va entre entre la papauté et les conciles
Mais les conflits entre la papauté et les conciles ne sont pas achevés pour autant. Ils doivent se réunir tous les vingt-cinq ans. Celui de Bâle débute le 3 mars 1431, il se déclare supérieur au pape Eugène IV. Ce dernier déplace le Concile à Ferrare pour permettre à la délégation byzantine de participer à la rencontre et de sceller la réunion de l’Église d’Occident avec celle d’Orient, Constantinople est en effet sous la menace ottomane. Mais un groupe de délégués désavoue Eugène IV et nomme pape le duc de Savoie Amédée VIII. Celui-ci qui prend le nom de Félix V et se fait consacrer à la cathédrale de Lausanne en présence de l’empereur. Il n’a que peu d’adhérents : les États de Savoie, l’Aragon, la Confédération suisse et certaines universités. L’empereur Frédéric III prend ensuite le parti d’Eugène IV, Félix V se retire en 1499 et reçoit l’évêché de Genève. La Maison de Savoie garde depuis ce moment-là une sorte de préemption sur la fonction et sur la ville.
C’est la tension entre les partisans de la Savoie, les Mamelouks et ceux des Confédérés, les Eidguenots qui va provoquer la division religieuse à Genève en 1535. A la suite d’une prédication de Guillaume Farel, des jeunes gens détruisent des « idoles » dans la cathédrale et obligent les chanoines à fuir. L’évêque s’est déjà réfugié avec le chapitre à Annecy en 1533.
Avant l’interdiction de la messe par le petit Conseil, la cathédrale était desservie par près de deux cents prêtres, en plus des chanoines, elle était entourée de deux paroisses, de plusieurs communautés religieuses : le couvent St-Victor, fondé par la sœur de la reine Clotilde, le couvent Bénédictin de Saint-Jean à l’entrée ouest de la ville, les Franciscains de Rive, les Dominicains de Plainpalais, les Augustins du pont de Carouge, le couvent des Clarisses au Bourg-de-Four. Tout ce monde, plus l’administration de ce grand diocèse va disparaître, ainsi que tout un peuple d’artisans construisant du mobilier liturgique, des stalles, des décorations, des objets de culte, de l’orfèvrerie. Ils laissent la place à sept pasteurs, tous français. Jean Calvin commente deux fois par semaine l’Écriture Sainte depuis la chaire de la cathédrale et enseigne la théologie à l’Académie, créée en 1559. Théodore de Bèze l’accompagne et lui succède. La cathédrale se nomme désormais le Temple, l’autel laisse la place à la chaire qui devient le centre de la liturgie. La ville devient la référence pour le protestantisme de langue française et une partie du monde anglo-saxon.
Genève est la dernière ville de Suisse à passer à la Réforme. Elle suivait Zurich, St-Gall, Schaffhouse, Bâle, Berne. Et les Bernois qui s’emparaient du Pays de Vaud jusqu’au portes de Genève.