Er gilt als der entscheidende Vordenker der Ökumene auf dem Zweiten Vatikanischen Konzil, als Brückenbauer zwischen den Religionen und Konfessionen und als Wegbereiter der theologischen Normalisierung zwischen Christen und Juden.
Augustin Bea stammte aus Riedböhringen, einem kleinen Dorf im Schwarzwald bei Donaueschingen. Dort wurde er am 28. Mai 1881 geboren als einziges Kind. Sein Vater Karl war Zimmermann, seine Mutter hieß Maria. Das Gymnasium besuchte er in Sasbach, Konstanz und Rastatt. Nach zwei Jahren theologischer Studien in Freiburg schloss er sich am 8. April 1902 dem Jesuitenorden an. 1912 empfing er die Priesterweihe. In Aachen gründete Bea 1914 die erste Niederlassung des noch verbotenen Ordens auf deutschem Boden und sorgte sich als Oberer für Mitbrüder, die zum Militärdienst eingezogen wurden. 1917 bis 1921 war er Professor für alttestamentliche Exegese und Studienpräfekt an der damaligen Ausbildungsstätte des Ordens in Valkenburg (Holland). Von 1921 bis 1924 wurde er erster Provinzial der neu neu gegründeten Oberdeutschen Provinz in München. In diese Zeit fiel der Neubau einer Ausbildungsstätte der Jesuiten in Pullach. 1924 wurde er als Professor ans Bibelinstitut nach Rom berufen. Er unterstützte Papst Pius XII. bei der Ausarbeitung seiner Enzykliken "Mediator Dei" und "Divino Afflante Spiritu". Von 1930 bis 1949 war er Rektor des Päpstlichen Bibelinstituts und von 1945 bis 1958 auch Beichtvater Pius' XII. Das Ringen um historisch-literarische Gestalt der Bibel als Voraussetzung für das Gespräch mit anderen Konfessionen und mit der modernen Welt.
Papst Johannes XXIII. ernannte den Jesuiten 1959 zum Kardinal und übertrug ihm 1960 den Vorsitz des "Sekretariats für die Förderung der Einheit der Christen", das im Hinblick auf das bevorstehende Zweite Vatikanische Konzil neu errichtet wurde. Er hatte maßgeblichen Anteil am Verlauf des Zweiten Vatikanischen Konzil (1962-1965). Bea gilt bis heute als "konservativer Reformer", der das Erbe der Kirche immer im Blick hatte, aber im Geist Johannes' XXIII. ein "aggiornamento" des Glaubens und Lebens der Kirche wollte.
Er hatte wesentlichen Anteil an der Ausarbeitung der Erklärung über das Verhältnis der Kirche zu den nichtchristlichen Religionen "Nostra Aetate" und war maßgeblich beteiligt an der Entstehung des Ökumene-Dekrets "Unitatis redintegratio" sowie der Erklärung über die Religionsfreiheit "Dignitatis humanae": Meilensteine zum Abbau von Barrieren zwischen den Konfessionen und wichtige Schritte zu einer interreligiösen Zusammenarbeit. Während der Sitzungspausen des Konzils warb der Kardinal geschickt für die Idee der christlichen Einheit und Öffnung der Kirche zur modernen Welt: durch Publikationen und Vorträge, die er als Konzilsbotschafter in Europa und den USA hielt. Größter Herzenswunsch, ganz im Sinne Johannes XXIII., war dem Alttestamentler die Aussöhnung mit dem Judentum. Unermüdlich wiederholte er sein Credo: Die Heilige Schrift sei "der gemeinsame Boden, auf dem wir und die getrennten Brüder stehen."
Nach dem Ende des Zweiten Vatikanischen Konzils arbeitete er in verschiedenen vatikanischen Kongregationen mit. Die geistige Lebendigkeit, Wachsamkeit und Flexibilität bis ins hohe Alter gehören zu den verblüffendsten Aspekten im Leben Beas. 1966 empfing er den Friedenspreis des deutschen Buchhandels. Er starb in Rom am 16. November 1968. Zu Lebzeiten hatte er verfügt, dass er seine letzte Ruhestätte nicht in Rom, sondern in der Pfarrkirche seines Heimatdorfes finden wollte - an der Seite seiner Eltern. Etwas spitzbübisch soll der Kardinal bemerkt haben, man werde dort mehr für ihn beten als in Rom.