Mit Jorge Mario Bergoglio wurde am 13. März 2013 der erste Jesuit zum Bischof von Rom und der erste Nicht-Europäer seit 741 auf den Stuhl Petri gewählt. Als Ordensmann wählte der Papst "vom anderen Ende der Welt" erstmals in der Geschichte den Namen Franziskus.
In Buenos Aires am 17. Dezember 1936 geboren, galt Bergoglio im Jesuitenorden, in den er am 11. März 1958 eintrat, nachdem er zuvor eine Ausbildung als Chemietechniker absolviert hatte, als Multitalent: Bereits mit 37 Jahren wurde er Provinzial in Argentinien, in schwierigster Zeit, danach Rektor im großen Studienhaus San Miguel, in dem junge Jesuiten aus zahlreichen Ordensprovinzen aus ganz Lateinamerika studierten. Der Deutschen Provinz der Jesuiten ist er seit 1986 verbunden, als er für einige Monate an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Sankt Georgen in Frankfurt/Main eine Promotion vorbereitete, die allerdings unvollendet blieb. Pater Bergoglio wurde 1992 Weihbischof, 1997 Erzbischof-Koadjutor, 1998 Erzbischof von Buenos Aires und 2001 Kardinal. Seit 1992 unterliegt er damit nicht mehr der Jurisdiktion eines Jesuitenprovinzials oder des Generaloberen. Aber er bleibt Jesuit und versteht sich ausdrücklich auch so. Er ist in der jesuitischen Tradition und ignatianischen Spiritualität fest verwurzelt und drückt seine Verbundenheit zum Orden in Rom und bei Besuchen von Jesuitenkommunitäten während seiner Reisen immer wieder aus.
"Wir Jesuiten haben schon immer ein besonderes Gelübde, dass wir uns vom Papst mit Aufträgen in alle Welt senden lassen. Dieses Gelübde ändert sich nicht, wir stehen Papst Franziskus wie jedem Papst zur Verfügung", erklärte der damalige deutsche Jesuitenprovinzial Stefan Kiechle SJ nach der Papstwahl in einem Interview. "Vom neuen Papst erhoffe ich mir - ganz jesuitisch - nicht nur, dass er in der Kirche einiges erneuert, sondern vor allem, dass er sich kraftvoll für das Evangelium, für den Glauben und die Liebe, für die Versöhnung und den Frieden einsetzt."
Zu einem besonderen Gottesdienst kam Papst Franziskus am 3. Januar 2014, dem Fest des Namens Jesu, in die Kirche Il Gesù in Rom. In seiner Predigt dankte er für die Heiligsprechung von Peter Faber SJ (1506-1546).
Zum Dank für die Wiederzulassung des Jesuitenordens vor 200 Jahren feierte Papst Franziskus am 27. September 2014 in der römischen Kirche "Il Gesu" einen Vespergottesdienst (Text seiner Ansprache). Dabei bezeichnete der Papst einen Jesuiten als jemand, der durch sein Verhalten nicht nur zeige, was er glaube, sondern auch, auf wen er in schwierigen Zeiten seine Hoffnung setze. "Es ist niemals die scheinbare Ruhe, die unser Herz beruhigt, sondern nur der echte Frieden, der eine Gabe Gottes ist... Nur die Unterscheidung des Willens Gottes errettet uns vor der wirklichen Entwurzelung, vor der 'Unterdrückung' des Herzens, also dem Egoismus, der Weltlichkeit, dem Verlust unseres Horizontes, unserer Hoffnung, die Jesus ist und die nur Jesus ist."
Es war ein Novum: Bisher empfing der Papst die in Rom versammelten Mitglieder einer Generalkongregation in einer Audienz; am 24. Oktober 2016 stattete Papst Franziskus der 36. Generalkongregation selbst einen Besuch ab. Er ermutigte den Orden, "gemeinsam weiter vorangehen - frei und gehorsam - bis zu den Peripherien, wo andere nicht hinkommen" (Text seiner Ansprache): "Der Dienst im guten Geist und in der Unterscheidung macht uns zu Männern der Kirche, und zwar nicht zu klerikalen, sondern kirchlichen, zu Menschen 'für andere'."
"Sechzig Jahre Ordensleben schaffen eine Verbindung, die man auch nach Jahrzehnten des Bischof-Seins nicht verliert", so der Generalobere P. Arturo Sosa SJ in einem Interview anlässlich des 60. Ordensjubiläums von Papst Franziskus. Dies werde bei den regelmäßigen Treffen des Papstes mit Jesuiten bei seinen Auslandsreisen deutlich. "Heute hören wir uns von Papst Franziskus als Orden dazu berufen, uns des Themas der 'Unterscheidung' anzunehmen: Der Papst betont immer wieder wie wichtig es ist, dass die Kirche unterscheiden und entdecken kann, wie Gott in unserer Welt handelt und wie wir diesen Prozess des Erkennens und Unterscheidens begleiten sollen." Hier könne man auch am klarsten sehen, dass die Kirche einen Jesuiten-Papst habe, dieses Thema sei für die Spiritualität zentral. "Was diesen Papst kennzeichnet ist eine innere Freiheit, die eine solche Unterscheidung möglich macht. Außerdem hat er eine außerordentliche Sensibilität für soziale Fragen. Wir Jesuiten verbinden immer die Förderung des Glaubens mit dem Einsatz für Gerechtigkeit, für Dialog und der Offenheit für die Welt."